Während die New Yorker Zootiere am Weihnachten noch auf Madagaskar waren, stürzte der Weihnachtsmann mit seinen Schlitten über Madagaskar ab. Der Weihnachtsmann kann sich an nichts mehr erinnern. Alex, Marty, Melman und Gloria wollen deshalb alle Geschenke an die Menschen abliefern, die eigentlich der Weihnachtsmann bringen sollte. Doch die Rentiere weigern sich, da sie nur Aufträge vom Weihnachtsmann annehmen. So übernehmen die Pinguine diesen Auftrag, mithilfe des magischen Staubes vom Weihnachtsmann, der die Rentiere flugfähig gemacht hat. Alex, Marty, Melman, Gloria und die Pinguine liefern die Geschenke nach und nach aus. Währenddessen feiert Julian den Julianuar, ein Tag, an dem alle Lemuren ihm was schenken. Doch der Weihnachtsmann hatte kein Geschenk...