前シーズンで近しい人間を次々と亡くし、長年常用していた鎮痛剤による深刻な中毒症状に陥り自ら精神病院へ向かうという衝撃の最終話を受けたシーズン6は、ハウスの依存症治療から始まる。根深い精神的問題を指摘されて入院が長引く中、ハウスは自身の内面に向き合い人間関係を見直すことに。果たして医師免許を剥奪されたハウスは、解散した診断チームを復活させることができるのか? また恋人同士のフォアマンとサーティーン、結婚したチェイスとキャメロンの関係にも変化が訪れる中、カディとハウスの微妙な関係にもついに決着が…!? そうした経験を通して、シーズン6では明らかに以前とは異なるハウスの一面が描かれる。