“医龍”こと朝田龍太郎(坂口憲二)を中心としたチーム・メディカル・ドラゴンは日本初のバチスタ手術(超高度な技術を要する心臓手術)を成功させた後、解散。朝田は再び難民キャンプの医師として活動をしていた。“チーム・メディカル・ドラゴン”を欠いて以来、明真大学付属病院の患者数は激減。教授戦を争った加藤晶(稲森いずみ)、霧島軍司(北村一輝)の姿もない。病院に残ったメンバー、伊集院登(小池徹平)、里原ミキ(水川あさみ)はおろか、メンバーではない木原毅彦(池田鉄洋)さえも経営に不安を覚えるほどだ。そんな時、チームドラゴンのメンバーに明真再建とチーム再結成を訴える差出人不明のメールが届く。だが、朝田はアメリカ、元メンバーの内科医、藤吉圭介(佐々木蔵之介)は地方の病院に勤務、麻酔医の荒瀬門次(阿部サダヲ)は明真にいるものの覇気がなく、伊集院は再結成に疑問を持つ。