シーズン5から20か月後のある1日が物語の舞台。アメリカ国内は自爆テロが頻発し、アメリカ政府や国民の間では恐怖と中東系市民への警戒心が高まっていた。そんななかジャックが、アメリカ政府と彼を監禁していた中国政府との交渉により帰国を果たす。しかしジャックが連れ戻された理由は、テログループ内部の者による、グループリーダーとされるアサドの居所を教える代わりにジャックを差し出す、という提案を政府が呑むためだった。グループがジャックを捕らえるまでの間CTUの情報を筒抜けにすることも条件とされたため、なす術がないCTU。ジャックは、アサドがリーダーであるどころかテログループを阻止するために動いていることを告げられる。決死の覚悟で脱出を試みるジャック。そうしている間にも政府はアサド暗殺の準備を進めていく。