光の巨人、ティガの復活によりメルバは倒され、ゴルザは撃退された。だが、ティガを妬む精神生命体や死んでいる怪獣、成層圏の恐るべき生態系に生きる生物の変異体など、不可解な存在が次々と人類を脅かし始めてきた。この世の均衡のなにかが、崩れ始めてきたのか。また、宇宙から、異次元からの侵略者も魔の手を伸ばし始め、21世紀の地球は、まさに危機の時を迎えようとしていた。そんな状況のなか、ティガの存在は、大きくなっていく。光の巨人は、その善性ゆえか、人々の希望の象徴と言っていい存在と化したのだ。しかし敵のありかたはいよいよ千差万別になっていく、ダイゴ、そしてGUTSが立ち向かう相手は、単なる悪、侵略者ばかりではなく、太古から地球を狙ってきた者、人類の進歩そのものを阻もうとする謎の宇宙の存在にまで広がってきた。宇宙の中での地球の位置とは、はたしてどのようなものなのだろうか。